سرمایه صندوق حمایت از توسعه بخش کشاورزی یزد در سال جاری طی سه مرحله انجام گرفت که در مرحله اول از مبلغ ۶۳۵ میلیارد ریال به مبلغ ۱۰۳۱ میلیارد ریال که سهم دولت از محل اعتبارات ماده ۳۱ و اسناد تسویه و سهم بخش خصوصی از محل آورده نقدی سهامداران افزایش پیدا کرد. مرحله دوم از مبلغ ۱۰۳۱ میلیارد ریال به مبلغ ۱۰۷۱ میلیارد ریال که فقط سهم دولت از محل اعتبارات ماده ۳۱ افزایش پیدا کرده و مرحله سوم از مبلغ ۱۰۷۱ میلیارد ریال به مبلغ ۱۰۹۷ میلیارد ریال که سهم دولت از سود سهام و رسوب سال مالی ۹۷-۹۶ و سهم بخش خصوصی از سود سهام سال مالی ۹۷-۹۶ افزایش یافت.
این صندوق در سال ۸۶ با سرمایه اولیه به مبلغ ۱۲میلیارد ریال با ۷۸ سهام دار تشکل‌های دام و طیور فعالیت خود را آغاز کرد که در حال حاضر ۲۳۴ سهامدار و تشکل‌های سهام‌دار این صندوق تمامی زیر بخش‌های کشاورزی شامل زیر بخش‌های دام و طیور، آبزیان، زراعت و باغبانی و صنایع کشاورزی و… می‌باشند.